這部動畫電影的女主名叫百南花，一如既往采取日漫中「秒天秒地」的高中生設定。
動畫最先鋪墊卻是百南花的家庭環境，父親是外太空宇航員，由于外太空中食物非常難吃，某日一位靠坑蒙拐騙上位的「博士」研發出所謂的外太空食物，這正是動畫悲劇最初的起源。
由于父女分離兩地，百南花寄居在叔叔家里，其父親任務在身很少有機會歸家探望女兒，于是將不菲的工資委托給能夠自由返回地球的博士，讓他交給女兒百南花。而博士研發的食物其實隱藏變異因子，百南花的父親在某個夜晚因變異而成為怪物，博士等人卻逃回地球。
情節鋪墊中很明顯博士是造成一切災難的始作俑者，然而他卻憑借幸存者身份受到外太空組織的優待，事件消息被嚴密封鎖。與之形成痛苦對比的是，百南花仍舊滿懷希冀的在夜晚眺望外太空，期待有一天父親會回來探望。
初看百南花戴眼鏡的圓形萌臉，很容易讓人生氣親切感，她為了掙錢也時常跑去女仆咖啡廳打工經常工作到很晚，和叔叔家女兒相處得十分融洽，日子雖然艱辛，但小日子過得很充實。
當然這只是面對普羅大眾的形象，動畫最有趣的地方在于人格設定的雙面性，表面上溫和親切萌的百南花，暗地里是有著「死亡天使」之稱的都市殺手，身手敏捷精通各式武器，但她做的大都是良善之事，解決一些連警察也難以對付的壞人，這是加分的雙面性。
很快劇情轉折來臨，原本變成怪物的百南花父親，隨著飛船墜落在大海進入陸地，變成怪物的父親尚且保留一絲絲的理智，但破壞和殺戮已經不可遏制的蔓延，仿佛一架人性兵器在都市里四處肆虐，為尋找博士復仇而來的父親一路追殺。
情節塑造的事件迅速升溫，為保護都市的百南花不可避免的和父親發生沖突，非但沒有認出仇人博士，反而幫助對方逃走，攔截住變成怪物的父親，起初雙方都沒有認出彼此，大打出手之下，百南花深受重傷，但怪物偶然間發現送給女兒的禮物認出了女兒，觸動到內心情感神情凝視。結果反而被不清楚真相的百南花抓住機會，把眼含淚水的怪物父親殺死。
事后和道謝的博士乘坐車輛離開，親者痛仇者快的展開差點讓人想要棄番，好在此時接近尾聲，傲慢的博士吹噓自己在外太空的經歷，才把事情的原本告訴了百南花，在無限的懊悔和自責中，百南花也露出身份，擊殺了制造混亂的博士，從此徹底放下了武器。
故事到此終結，劇本角度來說，絕不是什麼好事，名為《少女殺手2》的動畫電影里將殘酷的事實放大，夸大陰錯陽差的無間命運，看完令人難以釋懷。
個人認為這是梅津泰臣純粹為補足《少女殺手1》補足的作品，交代了前作中女主成為單親媽媽的同時放大了關于少女殺手的世界。就算如此，少女殺手2還是很好的繼承了一貫的萌形象設計和行云流水的打斗場面，砂羽和百南花各自的戰斗風格勁爽，和渡邊信一郎的風格類似。
雖然結局上看這部動畫內容比較虐，容易引起內心的抗拒不適，不可否認的是里頭的人物和打戲非常耐看，且沒有尺度問題，但作者偏好此類究極化的設定，可能也是他聲名比不過渡邊的原因，為了虐而出發，這動畫還是可惜了！
